В 1971 году основана как Кустанайская межобластная школа первоначальной подготовки младшего и среднего начальствующего состава УВД Кустанайского облисполкома. В 1993 году реорганизована в Кустанайскую специальную среднюю школу МВД РК. В 1995 году - Кустанайский юридический колледж МВД РК, с 1996 года - Кустанайская высшая школа МВД РК. С 1998 года - Костанайский юридический институт МВД Республики Казахстан. В 2008 году преобразован в Академию Комитета уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Республики Казахстан. С 2012 года - Костанайская академия МВД РК.
С 2004 года подготовка специалистов осуществлялась по специальностям: «Правоохранительная деятельность», «Юриспруденция», «Педагогика и психология» по очной и заочной формам обучения за счет средств государственного бюджета с присвоением выпускникам специального звания «лейтенант юстиции» и академической степени «бакалавр».
